Конструкция дизельного двигателя ГАЗ-560 обеспечивает надежную его работу в течение всего ресурса автомобиля без ремонта при минимальном техническом обслуживании.

Головку цилиндров отливают вместе с блоком. Это позволяет обеспечить оптимальное охлаждение цилиндров, дает возможность увеличить максимальное давление газов при сгорании топлива, обеспечивает высокую надежность двигателя в эксплуатации.

Применение алюминиевого картера уменьшает вес двигателя, а установка картера на блок цилиндров с использованием резиновых демпфирующих деталей снижает шум и вибрацию, передаваемые на раму автомобиля.

Насос-фарсунки - с механическим приводом и микропроцессорным управлением. Впрыск топлива насос-фарсунками двухступенчатый, при этом сгорание топлива мягкое и полное, снижаются ударные нагрузки, на детали двигателя, уменьшается их износ, снижается токсичность отработавших газов и улучшаются тягово-динамические характеристики двигателя.

На первой ступени впрыскивается меньшая часть топлива, сгорание которого обеспечивает оптимальное сжигание топлива, подаваемого на второй ступени впрыска. Управляет подачей топлива микропроцессорная комплексная система управления двигателем, которая учитывает частоту вращения коленчатого вала, положение газ-педали и сигналы датчиков, установленных на двигателе, а также условия эксплуатации.

При возникновении нештатной ситуации или неисправностей в системах двигателя уменьшается или прекращается подача топлива.

Пуск двигателя зимой обеспечивают свечи накаливания в каждом цилиндре двигателя.